Menurut sejarah, dahulu desa Bababulo berada dalam wilayah Kerajaan Pamboang, salah satu kerajaan di wilayah mandar yang dipimpin langsung oleh Pabicara Bonde selaku anggota tokoh adat kerajaan dan berada satu wilayah dengan desa Bababulo sebelum dimekarkan. Penduduk desa Bababulo terbilang maju dibanding dengan desa-desa di sekitarnya akibat asimilasi budaya yang kian cepat serta pengalaman penduduknya yang kebanyakan adalah pelaut berlayar ke berbagai wilayah di nusantara seperti Ternate, Ambon bahkan sampai ke Singapura. Salah satu buktinya adalah banyaknya warga desa yang mempunyai garis keturunan di wilayah tersebut serta adanya beberapa pulau di Kalimantan, Jawa Timur, serta di berbagai pulau terluar Indonesia. Bahkan Bonde (sekarang Bababulo) merupakan Sejarah Pendaratan Pejuang Mandar Ammana Wewang setelah diasingkan di Walitung (Belitung) pada tahun 1947.

Dari Bapak Dr. Abd. Rahman Hamid yang pernah mengadakan Giat Literasi mengenai "Gelombang Besar Migrasi dan Jalur Bahari Masyarakat Mandar" pada tanggal 17 Maret 2023 serta berdasarkan cerita penduduk setempat, pada tahun 1957 terjadi kebakaran besar di Bababulo, Pamboang yang menyebabkan daerahnya kosong hingga tahun 1960. Pada saat itu, masyarakat Bababulo berdiam di Kalimantan Selatan yang merupakan jalur perdagangan yang digunakan masyarakat untuk berlayar ke Pulau Jawa. Ini juga merupakan salah satu alasan mengapa pengusaha perahu di Kalimantan Selatan kebanyakan merupakan warga dari desa Bababulo.

Seiring dengan perkembangan Ilmu Pengetahuan, Teknologi dan Seni (IPTEKS) serta adanya pergeseran paradigma pembangunan yang mana persaingan global semakin nyata di depan mata, dan hal tersebut sejarah dengan kebutuhan manusia atau masyarakat semakin banyak, maka terlahirlah inisiatif pemekaran desa ini menjadi dua desa yaitu desa Bababulo dan desa Bababulo Utara. Pemekaran desa Bababulo menjadi 2 desa ini dilakukan oleh pemerintah pada tahun 2010 yang menjadikan desa Bababulo lebih sempit yang dulunya terdiri dari dusun Rawang, dusun Bababulo, dusun Saleppa, dusun Kampung Baru, kini menjadi dusun Rawang, dusun Porendeang, dusun Bababulo, dan dusun Bonde Talawar. Namun, pemekaran desa Bababulo menjadi sebuah desa yang lebih sempit tidaklah mengubah identitas desa Bababulo sebagai "Bababulo induk" yang merupakan Sejarah Pendaratan Pejuang Mandar Ammana Wewang. Hal ini disebabkan karena tempat bersejarah dari daerah ini masih tetap menjadi bagian dari wilayah desa Bababulo, tepatnya di dusun Bonde Talawar.

Desa Bababulo yang terdiri dari empat dusun mengalami cukup kendala dalam proses pemerataan pembangunan, sehingga dalam perjalanannya pemerintah desa Bababulo masih tergolong desa berkembang.